Ecoembes lleva a cabo acciones de control y auditoría de las declaraciones anuales presentadas por todas sus empresas. Como resultado de estas acciones, el conjunto de firmas auditoras externas e independientes revisan anualmente en torno al 95% del total de toneladas adheridas a Ecoembes.  

Las incidencias detectadas en las Declaraciones analizadas se resuelven con la entrega de segundas declaraciones rectificativas, que corrigen los posibles errores en la información y en la facturación asociada. 

En el caso de que una empresa no solucione las incidencias detectadas, Ecoembes da de baja su contrato de adhesión e informa de la situación a la comunidad autónoma donde resida su sede social, ya que en este caso son las CCAA las que tienen la competencia sancionadora.